申请费用高
办理资质需要支付一定的申请费用，有些资质的申请费用比较高。对于一些小型企业来说，这可能会成为一个负担。

管理和维护难度大

获得资质之后，还需要进行管理和维护。如果企业没有相应的管理和维护经验，就可能会面临一些困难。
总之，办理资质可能会遇到材料不全或不符合要求、审批时间长、资质标准高、申请费用高、管理和维护难度大等难题。企业在办理资质时，需要认真了解相关政策和要求，积极配合审批部门的工作，提前做好准备，以便顺利地获得相应的资质。